平行合成反应仪在合成小核酸药物等领域的确取得了突破性进展。具体来说，这些进展包括：

自动化程度提升：现代平行合成反应仪实现了高度自动化，能够同时进行多个合成反应，大大提高了合成效率和重复性。

合成规模灵活调整：平行合成技术允许从小规模研发到中试甚至大规模生产的灵活调整，满足不同阶段的研究和工业需求。

多修饰基团的引入：通过平行合成反应仪，可以更容易地引入多种修饰基团，如硫代磷酸（PS）、2’-OMe、LNA、PMO、FANA等，增强核酸药物的稳定性和靶向性。

工艺参数优化：平行合成反应仪使得工艺参数更加可控，有助于优化合成过程，提高产物的纯度和收率。

减少人为误差：通过自动化操作减少了人为操作误差，提高了合成反应的一致性和可靠性。

化学稳定性提升：平行合成反应仪在固-液两相界面进行反应，提高了化学稳定性，减少了副反应的发生。

这些突破性进展使得平行合成反应仪在核酸合成领域成为重要的工具，加速了小核酸药物的研发进程。